Något Googles implementering saknat hittills är kryptering, vilket är en nackdel för de som värderar säkerhet och integritet. Nu är säkerheten på väg att åtgärdas då Google har börjat kryptera RCS för beta-testare.

Google använder end-to-end-kryptering (E2EE) vilket innebär att ingen, inte ens Google, kan läsa meddelanden medan de skickas från en telefon till en annan. Krypteringen kommer inledningsvis att vara aktiv för konversationer mellan två personer (till skillnad mot grupper), men målet på sikt är att all kommunikation ska krypteras.